耿九疇在任刑部右侍郎中，不顧權(quán)貴阻撓，辨清許多疑案，在朝野產(chǎn)生了巨大的影響。禮部侍郎章瑾靠給皇帝進貢珠寶升官，因犯罪入獄。耿九疇及刑部諸人商議將其貶官，引起了章瑾的女婿、給事中王汝霖的不滿，他指責(zé)刑部辦案不公。之后，王汝霖又伙同同官葉盛、張固和林聰?shù)热说教幧⒉贾{言，指責(zé)耿九疇和刑部。耿九疇氣憤之下，要上奏皇帝罷免葉盛等人。但是此時正值景帝剛剛當(dāng)上皇帝，急于用人，對王汝霖和葉盛等人，沒有追究，只將章瑾一人貶了職。
不久，安徽鳳陽遭了大災(zāi)，災(zāi)難造成許多百姓流離失所，也有許多災(zāi)民因無食宿而趁火打劫，使鳳陽災(zāi)區(qū)一度管理混亂�；实叟晒⒕女犌巴惨�。耿九疇到鳳陽后，看到到處都是乞討者，便上奏朝廷，一方面下放救災(zāi)糧食，一方面要求將武英、飛熊諸衛(wèi)軍留于災(zāi)區(qū)，組織百姓補耕補種。同時，他還成立各級組織，將7萬多戶流浪乞討人員招回，定居鳳陽，使境內(nèi)局勢逐漸安定。
兩淮的鹽政，自耿九疇離任后，又松弛下來，開始混亂。景泰元年（1450年），朝廷又命他兼理鹽政事務(wù)。
公元1452年，耿九疇代陳鎰鎮(zhèn)守陜西。期間，他發(fā)現(xiàn)都指揮楊得青等私自奴役兵卒，便上奏彈劾并奉詔進行了處置。他警告那些遠在邊關(guān)的將領(lǐng)說，以后誰要像楊得青那樣，再奴役士兵者，一樣嚴懲！一些邊將提出要增加臨洮諸衛(wèi)的守兵，耿九疇了解了情況后說：“邊城士卒并不缺少，只要將帥嚴肅紀律，賞罰嚴明，則人人可奮勇御敵，不然，再增守兵，不過多耗費些錢糧而已。”從而說服了那些邊將。當(dāng)時，邊疆農(nóng)民春夏在原籍耕作，一到秋冬，為躲避外族侵略，只好舉家遷回到塞內(nèi)。耿九疇說：“邊將的職責(zé)是抵御外族侵略和保衛(wèi)邊民的，現(xiàn)在邊民顛沛流離，要邊將何用？”于是，他命令守軍加強防衛(wèi)，如果發(fā)現(xiàn)邊民有被外寇襲擊者，就治守將之罪。邊關(guān)從此安寧了，邊民也得以安居，不再為躲藏外寇而來回折騰。
景泰四年（1453年），耿九疇轉(zhuǎn)任右副都御史時，上書奏請皇帝發(fā)展儒學(xué)、公平賞罰、選擇守令、簡約將帥等，都得到了皇帝的采納。天順初年，耿九疇在一次議事會上，皇帝對侍臣說：“耿九疇是個廉政的人。”就留他做了右都御史。公元1457年6月，御史張鵬等上奏朝廷降罪石亨等人違法行為，石亨卻聲稱自己是受耿九疇所支使，結(jié)果導(dǎo)致耿九疇一同被下獄，之后貶到江西任布政使，接著又調(diào)任四川。
第二年，禮部缺尚書，皇帝準備用耿九疇升補，但看到他年事已高，就改為南京刑部尚書。
天順四年（1460），耿九疇病逝。
